Snes9xで作成された全てのファイルは他のプラットフォーム版のSnes9xと互換性があります。(ただし、凍結ファイルの拡張子は異なります)
気をつけなくてはならないのは、Mac版のSnes9xは、凍結ファイルとムービーファイルのリソースフォークにゲームのスクリーンショットのサムネイルを置くということです。PCを使う友達にこれらの種類のファイルを送るときには通常、リソースフォークは分離したファイルとして表示されるか、削除されてしまいます。
チートファイル(拡張子が.cht)はSnes9xとZSNESの間で共通です。RTCファイル(拡張子が .rtc)はSnes9xとbsnesとの間で共通です。SRAMファイル(拡張子が.srm)はほぼ全てのSNESエミュレータで共通に使えるでしょう。